یکی از مسایل مهم در حوزه عرفان پژوهی در دو قرن اخیر، مساله ماهیت مکاشفه عرفانی است که به صورت پراکنده در آثار حکما و عرفانی مسلمان به آن پرداخته شده است. ملاصدرا نیز با رویکردی پیشینی و مبتنی بر آرای خود در نفس شناسی و جهان شناسی و با تاکید بر اصولی چون صیرورت اشتدادی نفس و اتحاد آن با مدرکات خود، تجارب عرفانی را واقعیتی معرفت زا می داند که در اثر تزکیه باطنی برای آدمیان حاصل می شود. در بیانات ملاصدرا می توان به همان اوصافی دست یافت که برخی ذات گرایان معاصر با رهیافت پسینی خود درباره مکاشفه عرفانی بدان رسیده اند.اغلب یا همه مکاشفات شخصی ملاصدرا از سنخ مکاشفه معنوی و مشتمل بر آگاهی از حقایق کلی هستی است؛ چنانکه او اصول حکمت متعالیه مانند اصالت و وحدت شخصی وجود را محصول الهام غیبی می داند. با این همه، در آثار وی شواهدی هست که مبین ویژگی های مشترک تجارب و مکاشفات عرفانی می باشند و از این رو می توان وی را در زمره ذات گرایان محسوب کرد.